През 846 г. Carl Zeiss открива малка работилница за производство на прецизни оптични инструменти на улица Neugasse 7 в Йена.
През 1866 г. е продаден 1000-ният микроскоп. Г-н ErnstAbbe се присъединява към компанията на г-н Zeiss и установява микроскопската технология на Zeiss на научна основа.
1884-1891: Създаден е „Schott & Gemossen Glass Works“ в Йена, Карл Цайс умира през 1888 г., основана е фондация „Карл Цайс“.
През 1900 г., с помощта на г-н Аугуст Кьолер, малката работилница на г-н Цайс започва да се разширява в световен мащаб и по същия начин полага солидна основа за флуоресцентната микроскопия.
През 1936 г., в сътрудничество с г-н Frits Zernike, е представен първият фазово-контрастен микроскоп за анализ на живи клетки. Г-н Фриц Зернике е удостоен с Нобелова награда за физика през 1953 г.
1949, Икономическо чудо и електронната ера: Комерсиализация на трансмисионната електронна микроскопия в партньорство с AEG Corporation.
През 1989 г. степента на цифровизация става все по-висока и микроскопът се превръща в работна станция за обработка на изображения. Бързо развитата софтуерна технология и цифровата камера разшириха приложното поле на микроскопа.
През 2000 г. технологията за контрол на операциите подпомогна технологията за изображения и микроскопът се превърна в автоматизирана система за показване на изображения.
