Има два вида флуоресцентни микроскопи по отношение на техните оптични пътища:
1. Трансмисионен флуоресцентен микроскоп: Източникът на възбуждаща светлина се използва за възбуждане на флуоресценция чрез преминаване през материала на пробата през кондензаторна леща. Могат също да се използват често използвани концентратори на тъмно поле и обикновени концентратори могат да се използват за регулиране на рефлектора за пренасочване и странично насочване на възбуждащата светлина към образеца. Това е сравнително старомоден-флуоресцентен микроскоп. Предимството му е силната флуоресценция при ниско увеличение, но недостатъкът му е, че флуоресценцията му намалява с увеличаване на увеличението. Поради това е по-добре да се наблюдават материали с по-големи проби.
2. Флуоресцентният микроскоп с падаща светлина е нов тип флуоресцентен микроскоп, разработен в съвремието. За разлика от горното, възбуждащата светлина пада от лещата на обектива надолу върху повърхността на образеца, като се използва същата леща на обектива като осветителния кондензатор и лещата на обектива за събиране на флуоресценция. Трябва да се добави двуцветен разделител на лъча към оптичния път, който е на 45 градуса от светлия уран. Ъгъл, възбуждащата светлина се отразява в лещата на обектива и се фокусира върху пробата. Флуоресценцията, генерирана от пробата, както и възбуждащата светлина, отразена от повърхността на лещата на обектива и покривното стъкло, навлизат в лещата на обектива и се връщат към двуцветния разделител на лъча, разделяйки възбуждащата светлина и флуоресценцията. След това остатъчната възбуждаща светлина се абсорбира от блокиращия филтър. Ако се използват различни комбинации от възбуждащи филтри/двуцветни сепаратори на лъчи/блокиращи филтри, те могат да отговорят на нуждите от различни флуоресцентни реакционни продукти. Предимствата на този флуоресцентен микроскоп са равномерно осветяване на полето, ясно изображение и по-силна флуоресценция с по-голямо увеличение.
