Светлинният и електронният микроскопи се различават един от друг. Сравнете вариациите на подобни термини.
Оптичният микроскоп може да види само специфични клетъчни структури, като клетъчни стени, хлоропласти, белязани хромозоми, митохондрии, ядра и т.н., докато електронният микроскоп може да наблюдава всички клетъчни структури. Казано по-просто, светлинният микроскоп може да разкрие микроскопичната структура на клетката, докато електронният микроскоп може да разкрие нейния субмикроскопичен състав.
Увеличението е основното отличие. Без значение колко мащабиране се използва, оптичните микроскопи имат максимално увеличение, отвъд което човешкото око не може да различи. y(min)=0.61*дължина на вълната / (n*sinu) Максимумът е приблизително 1,5 дори ако n*sinu е потопен в масло, а останалите количества зависят от размера на дължината на вълната. Следователно приближаването е безполезно, тъй като максималното увеличение на оптичния микроскоп е около 1000 пъти. Тъй като дължината на вълната на електронните лъчи, използвани при електронни микроскопски изображения, е значително по-къса от тази на видимата светлина, те могат да разрешават малки детайли, позволявайки увеличения до няколко милиона.
